區塊鏈在應用中有不少優勢，但仍然面臨一些挑戰。
財經刊文指出，一是信任問題。儘管使用者不需要信任交易中的另一方或任何中心化的媒介機構，但是需要信任區塊鏈協議下的軟體系統，大眾可能仍然需要權威機構為之背書。區塊鏈技術去中心化和不可篡改的特性是有限的，更多的是在私有鏈和聯盟鏈層級上實現去中心化，還有更高層級的機構或系統可以對整個區塊鏈進行把控。
二是技術鴻溝。有能力在網際網路上安全使用區塊鏈技術和無能力人群之間存在鴻溝。要解決這個問題，系統必須設計成“傻瓜式”，使用者不需要了解太多關於這個系統的知識也能良好地使用這個系統，且系統能明確地向使用者展示出其功能和帶來的結果。
三是安全性。儘管破壞區塊鏈系統需要攻擊51%以上的節點難度較高，但攻擊者可能轉而攻擊使用的個人，比如侵入個人的錢包或攻擊相關平臺。
四是存在隱私挑戰。使用者與錢包之間的別名身份在匿名性上其實是很弱的，加上比特幣區塊鏈交易的透明性，任何人可以透過觀察區塊鏈得出關於某事的結論。
五是與現有應用技術以及使用習慣的平滑接軌。由於存在路徑依賴，舊的觀念可能制約新模式的產生。現有應用技術有一定的客戶粘性，區塊鏈技術要得到廣泛接受，必須克服既有的路徑依賴。
六是技術規則可能缺乏現實世界中所需的必要靈活性。例如中金公司的分析報告就提到了目前的區塊鏈在改造金融基礎設施中存在的不足，包括事後不可追索、無法以淨頭寸結算、無法融券、交易令牌與實物資產匹配不足、智慧合約自動執行可能形成自我加強的反饋環導致金融不穩定等等。
這些障礙，有些可以透過區塊鏈技術的發展得以解決，有些也許需要區塊鏈之外的其他技術才能解決。區塊鏈技術雖然受到了追捧，但多數還在研究測試階段，同時也有其他技術與其競爭，區塊鏈真正大規模商業化應用還有待時間檢驗。
